在温暖和潮湿的气候下，或在通风不良的环境中，包装木箱在使用过程中经常出现变色发霉的情况，特别是六七八月的梅雨季节木箱发霉更是让木箱厂家头疼不已。木材发霉会使木箱的表面和边缘变色，由于霉菌的孢子只是在木材的表面上繁殖生长，所以木材的发霉只限于木材的表面或靠近表面很浅的一层。发霉常使木材呈绿色、白色、黑色，偶尔也呈其它颜色。霉菌造成的变色常呈絮状或斑点状。
六七八月温暖潮湿的环境(阳光、氧气、水份、温度)和微生物(真菌)的作用容易使沉积在木材表面的霉菌孢子繁殖而长霉。因此包装木箱发霉的原因是真菌变色引起的。霉菌对环境和基物的适应性和忍耐力比兰变菌和腐朽菌要强，霉菌对化学药物的耐药性也很强，甚至与某些有毒性的化学药物接触时仍能生长，因此在某些防腐处理后的木材上仍能发现霉变。
由于木材霉变的结果只是使木材表面变色，且变色的范围较浅，因而可用刷子清除，也可用刨掉表面层的方法清除。霉变对熏蒸实木木箱在载重性能等各方面品质其实影响不大，因此通常不认为是缺陷。但是霉菌侵染木材后，可增加液体对木材的渗透性。从而可促进兰变的生成。
引起木材霉变的真菌有木霉(Trichoderma sp.)、青霉(Penicillium spp.)、曲霉(Aspergillus spp.)、毛霉(Mucro)等。木霉属真菌中最主要的是绿色木霉，受这种真菌感染的木材表面呈绿色。青霉属和曲霉属真菌种类很多，常见的如黑曲霉，木材感染这种霉菌后，表面呈黑色斑点，有时连成片。
木材制成包装箱后，在使用过程中仍有可能发生变色，对于这个问题可参照我的另外一篇关于《木箱包装霉变的原因及最佳防霉方法是什么》来进行操作，木材颜色变化的种类很多，从木材本色(白色/淡黄色/浅褐色等)变为粉色、红色、 蓝色、绿色、灰色、深灰色、褐色、灰褐色、深褐色。在包装箱的使用及储存过程中，一定要创造出通风干燥及避免日晒雨淋的环境。
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